Управление для выполнения возложенных на него задач обладает следующими правами:
- в соответствии с законодательством Российской Федерации получать от таможенных органов документы, сведения и информацию, в том числе о принятых решениях по результатам проведенных экспертиз, необходимые для выполнения задач и осуществления своих функций;
- вносить в ГТК России предложения по организации деятельности Управления;
- разрабатывать материалы для печатной продукции по профилю своей деятельности;
- согласовывать назначение на должность и освобождение от должности начальников экспертно-криминалистических служб;
- заключать с организациями договоры, связанные с хозяйственной деятельностью Управления в пределах своей компетенции и лимитов выделенных денежных средств.