5.1. Регистр возглавляет генеральный директор, назначаемый на должность министром транспорта Российской Федерации на контрактной основе по представлению государственной службы речного флота Министерства транспорта Российской Федерации. Заместители генерального директора назначаются и освобождаются генеральным директором Регистра по согласованию с государственной службой речного флота Министерства транспорта Российской Федерации.
5.2. Генеральный директор осуществляет руководство деятельностью Регистра в соответствии с законодательством Российской Федерации, приказами Министерства транспорта Российской Федерации, настоящим Уставом, условиями трудового договора (контракта). Генеральный директор Регистра подотчетен Министерству транспорта Российской Федерации.
5.3. Генеральный директор Регистра:
5.3.1. несет персональную ответственность за выполнение возложенных на Регистр задач;
5.3.2. распределяет обязанности между своими заместителями;
5.3.3. представляет и защищает права Регистра во всех судебных, государственных органах, органах местного самоуправления, коммерческих и общественных организациях Российской Федерации и за рубежом;
5.3.4. в пределах своей компетенции издает приказы и распоряжения;
5.3.5. назначает и освобождает от должности руководителей филиалов и представительств (по согласованию с государственной службой речного флота Министерства транспорта Российской Федерации), их заместителей, руководителей структурных подразделений и других работников Регистра путем заключения и расторжения трудовых договоров (контрактов) и (или) издания соответствующих приказов;
5.3.6. осуществляет в пределах своей компетенции моральное и материальное поощрение работников Регистра и налагает на них дисциплинарные взыскания;
5.3.7. утверждает структуру Регистра, положения о филиалах (инспекциях) и других структурных подразделениях Регистра, штатные расписания, должностные инструкции работников;
5.3.8. устанавливает формы, размеры и условия оплаты труда, нормы командировочных и представительских расходов для работников Регистра;
5.3.9. представляет Регистр в международных неправительственных организациях;
5.3.10. совершает от имени Регистра любые сделки (включая договоры) с юридическими и физическими лицами;
5.3.11. определяет направления и порядок использования доходов, полученных Регистром в результате его деятельности;
5.3.12. в пределах, установленных законодательством Российской Федерации, распоряжается собственным имуществом Регистра;
5.3.13. передает в соответствии с действующим законодательством часть функций Регистра своим филиалам (инспекциям);
5.3.14. является по должности членом Совета государственной службы речного флота Министерства транспорта Российской Федерации;
5.3.15. участвует в подготовке законодательных, нормативных правовых и иных актов по вопросам, затрагивающим компетенцию и сферу деятельности Регистра.