1. По борьбе с экономическими таможенными правонарушениями
2. По борьбе с контрабандой сырьевых товаров и преступлений в кредитно-финансовой сфере
3. По борьбе с незаконным оборотом акцизных и маркируемых товаров
4. По борьбе с контрабандой на транспортных перевозках
5. По борьбе с организованной преступностью и розыска
6. По борьбе с особо опасными видами контрабанды
7. По борьбе с контрабандой оружия и продукции военного назначения
8. По борьбе с контрабандой культурных ценностей и объектов интеллектуальной собственности
9. По борьбе с контрабандой драгоценных металлов и камней
10. По борьбе с контрабандой объектов флоры и фауны
11. По борьбе с таможенными правонарушениями на морском транспорте
12. По борьбе с контрабандой наркотиков
13. Кинологический
14. Организации и контроля за деятельностью правоохранительных подразделений
15. Оперативно-аналитический (по правоохранительной работе)
16. Сотрудничества с правоохранительными органами зарубежных стран
17. Расследования дел особой важности
18. Организации таможенных расследований
19. Организации дознания
20. Криминалистики
21. Исполнения поручений по уголовным делам и делам о НТП
22. Исполнения постановлений по делам о НТП (по оперативным таможням)
23. Оперативно-разыскной (выносной)
24. Оперативных учетов
25. Оперативно-поисковый
26. Оперативно-технический
27. Организационно-инспекторский (по оперативным таможням)