В Горно-Алтайской автономной области имеются районы: Кош-Агачский, Майминский, Онгудайский, Турочакский, Улаганский, Усть-Канский, Усть-Коксинский, Чойский, Шебалинский; город областного подчинения Горно-Алтайск.
Административным центром Горно-Алтайской автономной области является город Горно-Алтайск.
Изменение границ Горно-Алтайской автономной области, образование и упразднение в ней районов, городов, рабочих поселков и сельсоветов, установление подчиненности городов, а также решение иных вопросов административно-территориального устройства автономной области производится в порядке, определяемом законодательством Союза ССР и РСФСР.
Вопросы административно-территориального устройства автономной области решаются с учетом мнения соответствующих государственных органов автономной области.