Текущее управление и оперативный контроль за выполнением подпрограммы осуществляется государственным заказчиком.
Государственный заказчик подпрограммы на договорной основе передает администрации г. Байконур часть своих функций по реализации подпрограммы.
В процессе реализации подпрограммы государственный заказчик обеспечивает координацию деятельности федеральных органов исполнительной власти, органов исполнительной власти субъектов Российской Федерации и администрации г. Байконур по вопросам реализации подпрограммы
Администрация г. Байконур ежеквартально представляет государственному заказчику информацию о ходе реализации подпрограммы.