Подпрограмма реализуется государственным заказчиком и администрацией г. Байконур с участием федеральных органов исполнительной власти.
Государственный заказчик подпрограммы с участием администрации г. Байконур и заинтересованных федеральных органов исполнительной власти осуществляет разработку документов, обеспечивающих нормативно-правовое и методологическое сопровождение подпрограммы, в том числе:
порядок предоставления сертификатов гражданам, отселяемым с комплекса "Байконур";
правила использования сертификатов для строительства жилых домов и получения ипотечного кредита на приобретение жилья;
механизм управления и контроля за реализацией подпрограммы с учетом передачи администрации г. Байконур части функций государственного заказчика.
Администрация г. Байконур в соответствии с договором о передаче ей части функций государственного заказчика:
организует и проводит среди граждан Российской Федерации, отселяемых с комплекса "Байконур", информационную работу по разъяснению порядка реализации подпрограммы;
осуществляет постановку на очередь для предоставления жилых помещений на территории Российской Федерации;
обеспечивает участников подпрограммы жильем путем его покупки или строительства;
организует работу по получению и выдаче участникам подпрограммы сертификатов;
представляет государственному заказчику расчет средств федерального бюджета, необходимых для обеспечения жильем участников подпрограммы. В установленном порядке осуществляет финансовую деятельность и представляет отчетность об использовании средств федерального бюджета;
разрабатывает и внедряет порядок привлечения и использования внебюджетных средств для реализации подпрограммы;
взаимодействует с органами исполнительной власти субъектов Российской Федерации, на территории которых будут реализовываться отдельные мероприятия подпрограммы по вопросам строительства, приобретения и оформления жилья;
организует строительство жилых домов для участников подпрограммы на территории Российской Федерации и распределение жилых помещений для переселения граждан.
Договор между государственным заказчиком подпрограммы и администрацией г. Байконур о передаче части функций государственного заказчика разрабатывается за счет средств, выделенных на научно-исследовательские и опытно-конструкторские работы.