Государственный контроль за использованием земельных участков комплекса "Байконур" осуществляют Государственный комитет Республики Казахстан по земельным отношениям и землеустройству и его территориальные органы на местах в присутствии уполномоченных представителей Российской Стороны. Порядок и сроки контроля за использованием земельных участков устанавливаются Российско-Казахстанской Межправительственной комиссией по комплексу "Байконур".