Контроль за выполнением Программы осуществляется Министерством труда и социального развития Российской Федерации совместно с Министерством экономического развития и торговли Российской Федерации, Министерством промышленности, науки и технологий Российской Федерации (в части научно-исследовательских работ).
Отчет об использовании бюджетных ассигнований представляется исполнителями мероприятий Программы государственному заказчику ежегодно в установленном порядке. Кроме того, один раз в полугодие они направляют государственному заказчику информационно-аналитические материалы о ходе реализации мероприятий Программы.
Вопросы о ходе реализации мероприятий Программы и об эффективности использования финансовых средств по мере необходимости рассматриваются на заседаниях коллегиальных органов заинтересованных федеральных органов исполнительной власти.