Механизм реализации Программы предусматривает использование рычагов государственной экономической, финансовой и бюджетной политики в области природопользования и охраны окружающей природной среды с учетом интересов хозяйствующих субъектов, муниципальных образований и субъектов Российской Федерации.
Организация реализации Программы возлагается на Министерство природных ресурсов Российской Федерации - государственного заказчика - координатора Программы и государственных заказчиков подпрограмм.
Государственные заказчики подпрограмм утверждают на ведомственном уровне перечень проектов, подлежащих выполнению в рамках I и II этапов реализации Программы.
Мероприятия и проекты, реализуемые в рамках Программы, подлежат обязательной экологической экспертизе в соответствии с Федеральным законом "Об экологической экспертизе".
Отбор инвестиционных проектов осуществляется государственными заказчиками подпрограмм по согласованию с Министерством экономического развития и торговли Российской Федерации. Отбор исполнителей программных мероприятий, реализуемых за счет бюджетных ассигнований, осуществляется на конкурсной основе.
Реализация программных мероприятий осуществляется на основе государственных контрактов (договоров), заключаемых государственными заказчиками подпрограмм с подрядчиками.
Для получения средств из федерального бюджета на научно-исследовательские работы и реализацию инвестиционных проектов государственные заказчики подпрограмм (Министерство сельского хозяйства Российской Федерации, Государственный комитет Российской Федерации по рыболовству, Федеральная служба России по гидрометеорологии и мониторингу окружающей природной среды, Федеральная служба геодезии и картографии России) ежегодно разрабатывают и представляют в установленном порядке бюджетные заявки в Министерство природных ресурсов Российской Федерации. Государственный заказчик - координатор Программы (Министерство природных ресурсов Российской Федерации) на основании бюджетных заявок, полученных от государственных заказчиков подпрограмм, формирует сводную бюджетную заявку по Программе и представляет ее в Министерство экономического развития и торговли Российской Федерации (по капитальным вложениям) и в Министерство промышленности, науки и технологий Российской Федерации (по затратам на научно-исследовательские и опытно-конструкторские работы).
В бюджетных заявках приводятся обоснования запрашиваемых средств, отражаются результаты отбора исполнителей работ, указываются объемы ассигнований на реализацию программных мероприятий из бюджетов субъектов Российской Федерации, местных бюджетов и внебюджетных источников.
Программные мероприятия, осуществляемые за счет прочих текущих расходов, финансируются государственными заказчиками подпрограмм из средств федерального бюджета, ежегодно выделяемых им на текущие расходы по основной деятельности. Отбор исполнителей работ производится на конкурсной основе.
Участие субъектов Российской Федерации в реализации и финансировании мероприятий Программы определяется соглашениями между государственными заказчиками подпрограмм и органами исполнительной власти соответствующих субъектов Российской Федерации.
Для привлечения внебюджетных источников финансирования предусматривается:
использование средств хозяйствующих субъектов в финансировании программных мероприятий, осуществляемых за счет бюджетов различных уровней;
использование соглашений о разделе продукции при разведке и освоении месторождений полезных ископаемых (эта мера направлена также и на привлечение иностранных инвестиций);
более широкое развитие арендных отношений при освоении природных ресурсов;
преимущественное использование аукционов при выдаче лицензий на недропользование;
введение систем регулирования природоохранной деятельности на основе механизмов экологического страхования, аудита, сертификации.