Программа реализуется с 2002 по 2020 год в 3 этапа:
первый этап (2002-2005 годы) - реализация масштабных инфраструктурных проектов, создание базы для развития экономики области и разработка правовых механизмов функционирования особой экономической зоны;
второй этап (2006-2013 годы) - продолжение реализации инвестиционных и социальных мероприятий, закрепляющих достигнутые на первом этапе реализации Программы положительные результаты в развитии экономики и социальной сферы;
третий этап (2014-2020 годы) - продолжение реализации инвестиционных и социальных мероприятий, закрепляющих достигнутые на втором этапе реализации Программы положительные результаты в развитии экономики и социальной сферы, формирование условий для успешного развития экономики Калининградской области в условиях действия норм и правил Всемирной торговой организации и создание объектов инфраструктуры в рамках подготовки к проведению в Калининградской области серии матчей чемпионата мира по футболу в 2018 году.
Срок реализации третьего этапа Программы является достаточным для получения общественно значимых результатов, характеризующих социально-экономическое развитие Калининградской области.
Меньший срок не позволит в полной мере реализовать намеченные задачи в силу их трудоемкости.
При большем сроке существуют риски возникновения финансовой неопределенности и формирования слабо управляемых факторов в сфере государственного управления при реализации мероприятий Программы.
Досрочное прекращение реализации Программы может быть осуществлено по решению Правительства Российской Федерации в случае изменения приоритетов при решении общегосударственных задач, а также при несоответствии результатов выполнения Программы целевым индикаторам и показателям эффективности реализации Программы.