Общее управление реализацией подпрограммы осуществляется государственным заказчиком подпрограммы - Федеральной службой по надзору в сфере транспорта.
Основными целями и задачами управления реализацией подпрограммы являются:
обеспечение эффективного и целевого использования средств, включая средства государственной поддержки;
разработка инвестиционных предложений и осуществление поиска инвесторов, а также осуществление контроля при их реализации;
актуализация мероприятий подпрограммы в соответствии с приоритетами социально-экономического развития страны и государственной транспортной политики.
Отбор организаций - исполнителей подпрограммы осуществляется на конкурсной основе.
Государственный заказчик подпрограммы выполняет свои функции во взаимодействии с заинтересованными федеральными органами государственной власти, органами исполнительной власти субъектов Российской Федерации и органами местного самоуправления.