Общее управление реализацией подпрограммы осуществляется государственным заказчиком подпрограммы - Федеральным агентством морского и речного транспорта.
Основными целями и задачами управления реализацией подпрограммы являются:
обеспечение эффективного и целевого использования средств, включая средства государственной поддержки;
разработка инвестиционных предложений и поиск инвесторов;
осуществление контроля при реализации инвестиционных проектов;
передача в эксплуатацию законченных объектов.
Отбор организаций - исполнителей подпрограммы осуществляется на конкурсной основе.