Управление ходом реализации подпрограммы осуществляет государственный заказчик - Федеральное агентство железнодорожного транспорта.
Основными целями и задачами управления реализацией подпрограммы являются:
обеспечение эффективного целевого использования средств, включая средства государственной поддержки, в соответствии с определенными приоритетами;
осуществление контроля при реализации инвестиционных проектов и передача в эксплуатацию объектов, строительство которых завершено.
Отбор организаций - исполнителей подпрограммы осуществляется на конкурсной основе.