Основными источниками финансирования программы являются:
федеральный бюджет;
бюджет Московской области;
бюджет г.Дубны;
внебюджетные источники.
Объемы финансирования программы определяются при формировании бюджетов соответствующих уровней на очередной финансовый год исходя из концепции межбюджетных отношений и из сумм налоговых доходов, собранных на территории наукограда и поступивших в соответствующие бюджеты в предыдущем году.