Организация управления программой осуществляется государственным заказчиком в соответствии с законодательством Российской Федерации. Координацию работ по реализации программы осуществляет наблюдательный совет.
Государственный заказчик ежегодно докладывает о результатах реализации программы в Правительство Российской Федерации. Отчеты об использовании средств федерального бюджета администрация г.Дубны по согласованию с правительством Московской области представляет в установленном порядке в Министерство финансов Российской Федерации.