Основными целями программы являются:
достижение устойчивого бездотационного социально-экономического развития г.Дубны как наукограда Российской Федерации и улучшение качества жизни его населения;
обеспечение мирового лидерства в фундаментальных научных исследованиях и создании новых образцов ракетной техники;
создание новых технологий и конкурентоспособной, в том числе импортозамещающей, высокотехнологичной продукции по приоритетным научно-техническим направлениям;
подготовка высококвалифицированных специалистов для работы по приоритетным научно-техническим направлениям.
При реализации программы должен обеспечиваться баланс интересов Российской Федерации, Московской области, муниципального образования "Город Дубна" и хозяйствующих субъектов на его территории.
Реализация программы предусматривается в несколько этапов:
первый этап (2001-2002 годы) - формирование организационно-правовых, экономических механизмов программы и органов управления программой, создание инфраструктуры, обеспечивающей выполнение программы, начало реализации отдельных проектов программы;
второй этап (2003-2005 годы) - реализация программных мероприятий с использованием форм государственной поддержки, формирование системы развития наукограда;
третий этап (2006 год) - завершение программных мероприятий и оценка их результатов, создание условий для устойчивого социально-экономического развития города, разработка и утверждение программы развития наукограда на последующий период.