Управление реализацией Программы осуществляют государственные заказчики - Государственный комитет Российской Федерации по строительству и жилищно-коммунальному комплексу (по памятникам градостроительства, архитектуры, инженерного искусства и прочим объектам недвижимости) и Министерство культуры Российской Федерации (по иным объектам исторического и культурного наследия) с возложением на них функций государственного заказчика по комплексу программных мероприятий.
Государственные заказчики организуют и проводят ежегодно конкурсы по отбору предложений исторических городов, а также исполнителей и поставщиков в целях обеспечения наиболее выгодного размещения заказов на поставку продукции для федеральных государственных нужд по каждому программному мероприятию. К работе в конкурсной комиссии будут привлекаться представители Министерства экономического развития и торговли Российской Федерации и Министерства финансов Российской Федерации. Победители конкурса заключают договор с государственным заказчиком.
При необходимости государственные заказчики вносят в установленном порядке в Правительство Российской Федерации предложения по уточнению сроков и промежуточных этапов реализации Программы (ее продлению и завершению), согласованные с Министерством экономического развития и торговли Российской Федерации и Министерством финансов Российской Федерации.
Для осуществления контроля и оценки хода реализации Программы исполнители представляют государственным заказчикам информацию о ходе выполнения программных мероприятий.
Государственные заказчики ежегодно представляют в Министерство экономического развития и торговли Российской Федерации проект доклада о ходе выполнения программных мероприятий и использовании средств за счет всех источников финансирования для последующего внесения его в Правительство Российской Федерации.