Обеспечение информационной безопасности реализуется комплексом организационных и проектных решений, обеспечивающим защиту конфиденциальной информации, системы в целом и ее компонентов от несанкционированного доступа, подтверждение авторства и целостности электронного документа с использованием электронной цифровой подписи, антивирусную защиту, архивирование и восстановление данных.
Поддержание политики информационной безопасности, эксплуатация подсистемы должны осуществляться службой обеспечения информационной безопасности ГАС "Выборы".