Управление реализацией Программы осуществляется Министерством сельского хозяйства Российской Федерации - государственным заказчиком силами соответствующих подразделений аппарата Министерства. Функции подразделений определяются приказом по Министерству.
В субъектах Российской Федерации Министерство сельского хозяйства Российской Федерации в установленном порядке передает функции государственного заказчика органам исполнительной власти субъектов Российской Федерации на основе заключаемых с ними соглашений. В указанных соглашениях определяются на основе показателей федеральной программы и региональных программ объемы соответствующих мероприятий и источники их финансирования, перечень хозяйств и объектов, где намечается выполнение работ, порядок взаимодействия с ними, нормативно-правовое и методическое сопровождение Программы, ее информационное и статистическое обеспечение.
Министерство сельского хозяйства Российской Федерации в установленном порядке также передает функции государственного заказчика своим территориальным специально уполномоченным органам по мелиорации земель, межрегиональным федеральным бюджетным учреждениям в субъектах Российской Федерации.
В субъектах Российской Федерации реализация программных мероприятий обеспечивается на основе государственных контрактов (договоров), заключаемых с исполнителями, определяемыми на конкурсной основе: предприятиями сельского хозяйства и сельхозхимии, водохозяйственными и землеустроительными организациями, предприятиями лесного хозяйства, научно-исследовательскими и проектно-изыскательскими институтами, предприятиями химической и машиностроительной промышленности всех форм собственности, государственными образовательными учреждениями.
С учетом выделяемых на реализацию Программы средств ежегодно уточняются целевые показатели, объемы работ, организуются оформление бюджетных заявок и соответствующих контрактов с исполнителями. Министерство сельского хозяйства Российской Федерации направляет обобщенные данные в Министерство экономического развития и торговли Российской Федерации и Министерство финансов Российской Федерации с анализом соответствия годовых объемов средств достижению целей Программы. Отчеты за год представляются до 1 февраля следующего года.
Контроль за реализацией Программы в целом и региональных программ осуществляется Министерством сельского хозяйства Российской Федерации, его территориальными специально уполномоченными органами по мелиорации земель, межрегиональными федеральными бюджетными учреждениями и органами исполнительной власти субъектов Российской Федерации в порядке, определяемом соглашениями между ними.
Задачей государственного контроля за реализацией Программы, является обеспечение выполнения предусмотренных в ней показателей, соблюдения собственниками, владельцами, пользователями, в том числе арендаторами земельных участков, требований законодательства Российской Федерации при осуществлении хозяйственной деятельности в части сохранения и повышения плодородия почв земель сельскохозяйственного назначения.
Министерство сельского хозяйства Российской Федерации ведет учет этих показателей в соответствии с Правилами государственного учета показателей состояния плодородия земель сельскохозяйственного назначения, утвержденными постановлением Правительства Российской Федерации от 1 марта 2001 года N 154.
Для осуществления контроля за выполнением показателей Программы Министерство сельского хозяйства Российской Федерации совместно с Государственным комитетом Российской Федерации по статистике обобщает и анализирует статистическую отчетность и в установленном порядке представляет доклады о выполнении Программы.
Проверки хода реализации Программы осуществляются в соответствии с законодательством Российской Федерации.