Предусмотрено, что Программа будет реализована в течение 9 лет в 2 этапа.
На первом этапе (2002-2005 годы) в наиболее сейсмоопасных регионах предусматриваются проведение обследований и паспортизация таких объектов, как школы, больницы, гидросооружения и т. д., а также будут усилены сооружения, имеющие наибольший дефицит сейсмостойкости, наиболее важные в социальном отношении и с точки зрения ликвидации последствий землетрясений. Предусматривается осуществить мероприятия, которые дадут результаты в ближайшей перспективе. Будет систематизирована и получит дальнейшее развитие нормативно-техническая и правовая база, воссоздана и обновлена экспериментальная основа исследований по сейсмостойкости сооружений. Будут разработаны методические, экономические и организационные основы и механизмы для реализации программных мероприятий в полном объеме.
На втором этапе (2006-2010 годы) планируются полномасштабная реализация основных мероприятий Программы, массовая паспортизация объектов и усиление зданий и сооружений. При необходимости может осуществляться корректировка мероприятий Программы. При корректировке будут учитываться фактические объемы финансирования, показатели, позволяющие определить порядок достижения целей и решения программных задач.