Государственный заказчик осуществляет управление выполнением Программы, обеспечение необходимого научно-технического уровня ее основных мероприятий и контроль за реализацией Программы в соответствии с Порядком разработки и реализации федеральных целевых программ и межгосударственных целевых программ, в осуществлении которых участвует Российская Федерация, утвержденным постановлением Правительства Российской Федерации от 26 июня 1995 года N 594 "О реализации Федерального закона "О поставках продукции для федеральных государственных нужд".
Осуществление работы в регионах (начиная с наиболее сейсмоопасных) планируется и реализуется через соответствующие органы исполнительной власти субъектов Российской Федерации. Определение организаций и предприятий, ответственных за выполнение программных мероприятий, их документальное и техническое оснащение осуществляются с привлечением специалистов центральных институтов, предприятий и учреждений строительного направления уже на первом этапе реализации Программы. Полномасштабное развертывание в регионах работ по Программе планируется в начале второго этапа.
Государственный заказчик осуществляет координацию и взаимодействие с исполнителями других федеральных программ, а также организует рациональное использование международного обмена по Программе.