Руководство реализацией Программы осуществляет Федеральное агентство по образованию, являющееся государственным заказчиком Программы. Государственный заказчик Программы дает оценку промежуточных результатов и хода ее реализации в целом, готовит предложения о порядке выполнения Программы, включении, исключении и уточнении отдельных подпрограмм и проектов, уточняет целевые показатели, осуществляет общее руководство и контроль за ходом реализации Программы, а также финансирование контрактов участников Программы (абзац в редакции постановления Правительства Российской Федерации от 6 сентября 2004 года N 459 - см. предыдущую редакцию).
Государственный заказчик Программы может передавать в установленном порядке выполнение части функций по организации и проведению конкурсов на проведение научно-исследовательских работ, по выполнению работ (услуг), анализу исполнения государственных контрактов.