Государственным заказчиком работ, проводимых в рамках Программы, является Федеральное агентство по атомной энергии.
Финансирование указанных работ за счет средств федерального бюджета производится по целевому назначению через государственного заказчика.
Государственный заказчик Программы уточняет мероприятия Программы, промежуточные сроки их реализации и объем финансирования с учетом средств, выделяемых на реализацию Программы, и предварительных результатов ее выполнения.
Выполнение мероприятий Программы российскими организациями осуществляется посредством заключения государственных контрактов.
Организация управления реализацией Программы и контроль за ходом ее выполнения возлагаются на Федеральное агентство по атомной энергии.
Государственный заказчик осуществляет свои функции во взаимодействии с заинтересованными федеральными органами исполнительной власти.
Федеральное агентство по атомной энергии ежеквартально рассматривает результаты выполняемых работ и проводит проверку с выездом специалистов на место.
Контроль за ходом выполнения Программы может осуществляться в процессе комплексных проверок с участием представителей государственного заказчика Программы, Министерства экономического развития и торговли Российской Федерации, Министерства образования и науки Российской Федерации и Министерства финансов Российской Федерации.