Реализация Программы предусматривает тесное взаимодействие и сотрудничество различных ветвей и уровней власти, в том числе - в рамках рабочей группы по совершенствованию межбюджетных отношений в Российской Федерации, включающей представителей Правительства Российской Федерации, Государственной Думы, Совета Федерации Федерального Собрания Российской Федерации, органов исполнительной власти субъектов Российской Федерации.
В целях качественной подготовки нормативных правовых актов и методических материалов, связанных с реализацией Программы, будет создан Экспертный совет (рабочая группа), включающий представителей Минфина России, заинтересованных федеральных органов исполнительной власти, региональных и местных финансовых органов, а также независимых экспертов.
Программа будет реализована в 2 этапа - 2001-2003 годы и 2004-2005 годы в соответствии с утверждаемым на каждый этап Правительством Российской Федерации планом действий по реализации Программы.