Сложившаяся в России система межбюджетных отношений, несмотря на проведенные в 1990-х годах реформы, не отвечает основополагающим принципам бюджетного федерализма и стратегии развития страны на долгосрочную перспективу.
По уровню децентрализации бюджетных ресурсов Россия практически не уступает большинству федеративных государств, однако формально сохраняет крайне высокую, даже по меркам унитарных государств, централизацию налогово-бюджетных полномочий. Бюджеты субъектов Российской Федерации и особенно местные бюджеты (далее именуются - региональные и местные бюджеты или территориальные бюджеты) перегружены обязательствами, возложенными на них федеральным законодательством без предоставления источников финансирования ("нефинансируемые федеральные мандаты"). Основная часть расходов региональных и местных бюджетов, включая заработную плату в бюджетной сфере, а также финансирование сети бюджетных учреждений регламентируется централизованно установленными нормами. Более 80 процентов налоговых доходов этих бюджетов формируется за счет отчислений от федеральных налогов. Зависимость региональных и местных бюджетов от ежегодно устанавливаемых пропорций (нормативов) расщепления федеральных налогов подрывает стимулы к проведению структурных реформ, привлечению инвестиций, развитию налогового потенциала территорий и повышению собираемости налогов. Несмотря на тенденцию к формализации распределения финансовой помощи, значительная ее часть по-прежнему распределяется без четких критериев и процедур, что требует дальнейшего развития и законодательного закрепления методологии бюджетного выравнивания.
Установленные федеральным законодательством крайне ограниченные налогово-бюджетные полномочия органов власти субъектов Российской Федерации и органов местного самоуправления (далее именуются органами власти субъектов и местного самоуправления) позволяют перекладывать политическую и финансовую ответственность за сбалансирование территориальных бюджетов и состояние социальной сферы на федеральный центр. Противоречия между децентрализацией бюджетных ресурсов, формальной централизацией налогово-бюджетных полномочий усугубляются неустойчивостью макроэкономических условий, слабостью демократических институтов, неразвитостью рынков капиталов и низкой мобильностью факторов производства, завышенными социальными ожиданиями и требованиями к государству, резкими различиями в бюджетной обеспеченности субъектов Российской Федерации и муниципальных образований.
Региональные и местные бюджеты остаются недостаточно прозрачными, отсутствует целостная система мониторинга состояния и качества управления государственными и муниципальными финансами (общественными финансами), результаты которой были бы доступны не только органам власти разных уровней, но и населению, инвесторам и кредиторам.
Серьезным препятствием на пути развития бюджетной системы стала неопределенность бюджетного статуса муниципальных образований и существующая система административно-территориального деления субъектов Российской Федерации. Нынешняя организация местного самоуправления, незавершенность процесса его становления, недостатки унаследованной системы административно-территориального устройства не позволяют провести полноценную, охватывающую все уровни бюджетной системы реформу, гарантирующую финансовую самостоятельность и ответственность муниципальных образований.
Все это приводит к неэффективному использованию бюджетных ресурсов, сокращению объема и качества бюджетных услуг, подрыву предпосылок для устойчивого экономического роста, усложнению условий для проведения структурных реформ, искажению условий равной конкуренции, ухудшению предпринимательского и инвестиционного климата, дальнейшему усилению межрегиональных диспропорций, росту социальной и политической напряженности.
В рамках общей стратегии развития России на среднесрочную перспективу необходимо реализовать качественно новый этап реформирования системы межбюджетных отношений.