Исторически сложившаяся неоднородность социально-экономического пространства России оказывает значительное влияние на функционирование государства, структуру и эффективность экономики, стратегию и тактику институциональных преобразований и социально-экономическую политику. Межрегиональная дифференциация усилилась при нарастании кризисных явлений в экономике и переходе к рыночным реформам. Это связано, во-первых, с включением механизма рыночной конкуренции, разделившего регионы по их конкурентным преимуществам и недостаткам; обнаружилась различная адаптация к рынку регионов с разной структурой экономики и разным менталитетом населения и власти. Во-вторых, значительно ослабла регулирующая роль государства, что выразилось в сокращении государственных инвестиций в региональное развитие, отмене большинства региональных экономических и социальных компенсаторов. В-третьих, сказалось фактическое неравенство различных субъектов Российской Федерации в экономических отношениях с центром.
В результате по величине среднедушевого производства валового регионального продукта и среднедушевым реальным доходам населения субъекты Российской Федерации стали различаться более чем в 20 раз. Такая резкая дифференциация имеет своим неизбежным следствием расширение ареалов депрессивности и бедности, ослабление механизмов межрегионального экономического взаимодействия и нарастание межрегиональных противоречий. Все это значительно затрудняет проведение единой общероссийской политики социально-экономических преобразований. Хотя территориальные социально-экономические диспропорции во многом порождаются объективными причинами, не подлежит сомнению необходимость их смягчения. Чрезмерные различия в условиях жизни населения центра и периферии, различных регионов страны воспринимаются обществом как нарушение принципов социальной справедливости и могут приводить к усилению центробежных тенденций.