В естественно-монопольном секторе регулирование должно осуществляться путем:
обеспечения координации регулирования тарифов на услуги всех естественных монополий;
установления правил доступа к продукции (работам, услугам) естественно-монопольного сектора, в том числе правил заключения и выполнения договоров;
определения перечня хозяйствующих субъектов, оказывающих услуги естественно-монопольных видов деятельности, подлежащих лицензированию;
установления особого режима контроля за совершением сделок с основными средствами, получения контроля над основными средствами, осуществлением инвестиций;
установления процедуры обязательного опубликования информации об имеющих лицензии хозяйствующих субъектах, перечне тарифов и условий перевозки (оказания иных услуг) в общедоступной информационной системе, а также в местах приема заказов на перевозки;
надзора за недискриминационностью технических правил и норм, обеспечения независимости органа стандартизации и сертификации от субъектов естественной монополии;
установления тарифной базы (прейскуранта и дополнительных условий тарификации) и правил ее применения;
осуществления индексации тарифов в соответствии с изменениями макроэкономических показателей;
надзора за исполнением установленных правил, рассмотрения жалоб и обращений хозяйствующих субъектов, выдачи обязательных для исполнения предписаний, наложения штрафов и административных взысканий;
использования судебных процедур по фактам нарушений законодательства о естественных монополиях и т.п.
Во временно-монопольном (потенциально конкурентном) секторе регулирование доступа должно осуществляться в тех же формах, как и в естественно-монопольном секторе, с учетом специальных мер антимонопольного регулирования, направленных на развитие конкуренции.
Либерализация тарифов во временно-монопольном секторе определяется органом регулирования естественных монополий в соответствии с уровнем развития конкуренции на конкретных сегментах рынка.
На первом этапе реформ необходимо начать либерализацию тарифного регулирования в секторах с потенциально возможной внутриотраслевой, межотраслевой, межтранспортной и международной конкуренцией.
К сектору внутриотраслевой конкуренции могут быть отнесены железнодорожные перевозки повышенного качества (пассажирские перевозки в вагонах "СВ" и купейных вагонах, скоростные пассажирские и грузовые перевозки).
К сектору межотраслевой конкуренции могут быть отнесены перевозки грузов, эффект от производительного потребления которых может быть замещен продукцией других отраслей промышленности (перевозка энергоносителей железнодорожным транспортом или передача электроэнергии).
К сектору межтранспортной конкуренции могут быть отнесены грузовые и пассажирские перевозки при наличии альтернативной транспортной инфраструктуры.
К сектору международной конкуренции могут быть отнесены транзитные грузовые перевозки, пассажирские и грузовые перевозки в прямом международном сообщении (конкуренция с трансконтинентальными грузоперевозчиками, морским транспортом, международными авиакомпаниями).
Регулирование тарифов на перевозки пассажиров в пригородном сообщении будет осуществляться территориальными подразделениями регулирующего органа с участием органов исполнительной власти субъектов Российской Федерации. В случае, когда из регионального бюджета (бюджета субъекта Российской Федерации) не выделяются средства на возмещение соответствующей части убытков пассажирской компании, тарифы должны устанавливаться на уровне не меньшем, чем экономически обоснованные затраты.
В конкурентном секторе регулирование доступа должно осуществляться в формах, предусмотренных общими нормами российского антимонопольного законодательства. В этом секторе рынка железнодорожных перевозок осуществляется последовательное дерегулирование ценообразования и переход на свободные (контрактные) цены.