После исключения из Министерства путей сообщения Российской Федерации функций организации хозяйственной деятельности на железнодорожном транспорте оно сохраняется как федеральный орган исполнительной власти в области железнодорожного транспорта и выполняет следующие функции:
1) проведение государственной политики в области железнодорожного транспорта, исходя из требований экономики, обороноспособности и безопасности страны, потребностей населения;
2) разработка, утверждение и надзор за исполнением нормативных документов в области:
технической эксплуатации железных дорог, иных объектов инфраструктуры железнодорожного транспорта, безопасности перевозок и экологии, обеспечения охраны объектов, сохранности перевозимых грузов и имущества, пожарной безопасности, а также охраны труда;
установления обязательных требований к техническим средствам, используемым на железнодорожном транспорте, а также услугам, предоставляемым при перевозках грузов и пассажиров (технических регламентов и стандартов);
3) лицензирование, сертификация и стандартизация на железнодорожном транспорте в пределах своих полномочий;
4) надзор за соблюдением метрологических правил и норм;
5) руководство мобилизационной подготовкой и гражданской обороной;
6) обеспечение защиты государственной тайны;
7) участие в осуществлении государственной политики в области борьбы с террористическими проявлениями на железнодорожном транспорте, координация и взаимодействие по данному вопросу с компетентными органами;
8) регулирование в области перевозок для государственных нужд и социально значимых перевозок пассажиров;
9) другие функции государственного регулирования в области железнодорожного транспорта.