Для обеспечения своевременности, полноты и правильности выполнения мероприятий различных этапов реформирования предлагаются следующие механизмы контроля и управления ходом реформы:
Правительство Российской Федерации, выполняя функции общего собрания акционеров, по согласованию с Президентом Российской Федерации назначает руководителя открытого акционерного общества "Российские железные дороги", по представлению открытого акционерного общества "Российские железные дороги" ежегодно утверждает инвестиционную программу на очередной год;
Комиссия Правительства Российской Федерации по структурной реформе железнодорожного транспорта осуществляет координацию и контроль за реализацией реформы (в том числе периодический анализ возможности организационного отделения инфраструктуры от перевозочной деятельности в соответствии с установленными критериями), включая контроль за соответствием хода реформирования требованиям обороноспособности и национальной безопасности государства, принимает решение об изменении состава видов деятельности временно-монопольного и конкурентного секторов (перевод отдельных видов деятельности, где сформированы условия для эффективной конкуренции, в режим регулирования конкурентного сектора);
Министерство путей сообщения Российской Федерации, Министерство экономического развития и торговли Российской Федерации, Министерство Российской Федерации по антимонопольной политике и поддержке предпринимательства и другие федеральные органы исполнительной власти, а также открытое акционерное общество "Российские железные дороги" в рамках своих полномочий осуществляют мероприятия по реформированию в соответствии с настоящей Программой;
комиссия по приватизации, формирующая состав имущественного комплекса открытого акционерного общества "Российские железные дороги" и состоящая из представителей министерств и ведомств, определяет перечень имущества и предприятий, не подлежащих включению в состав этого акционерного общества.
Представители государства в органах управления открытого акционерного общества "Российские железные дороги" контролируют соблюдение основных принципов и направлений реформирования, а также полноту и своевременность выполнения им мероприятий соответствующих этапов.
Осуществляется отделение функции сбора денежных средств за перевозки от функции перевозки и от функции отражения операций в бухгалтерском учете.
Создается система ключевых контрольных показателей экономической эффективности деятельности открытого акционерного общества "Российские железные дороги", которая при отказе от механизма расчетных цен и ослаблении финансовой самостоятельности железных дорог станет основой для формирования инструментов мотивации труда.