Механизм поддержки пассажирских перевозок определяется Правительством Российской Федерации на первом этапе реформы с целью обеспечения прозрачности при компенсации их убытков и поэтапного прекращения их перекрестного субсидирования за счет грузовых перевозок.
В целях минимизации расходов, относимых на пассажирские перевозки, на первом этапе уточняются нормативы отнесения условно-постоянных затрат железнодорожного транспорта (в первую очередь естественно-монопольного сектора) на себестоимость пассажирских перевозок.
На первом и втором этапах тарифы на перевозки в дальнем следовании и перевозки в пригородном сообщении должны устанавливаться не ниже уровня переменных затрат.
Тарифная политика в области пассажирских перевозок будет проводиться с учетом платежеспособного спроса населения и при постепенном сокращении перекрестного субсидирования за счет грузовых перевозок.
На втором этапе объем необходимого дотирования определяется на каждый год отдельно для перевозок в дальнем следовании и в пригородном сообщении с учетом возможности дерегулирования тарифов на отдельные виды пассажирских перевозок и совершенствования механизма бюджетного финансирования перевозок пассажиров, имеющих льготы по оплате проезда на железнодорожном транспорте.
Необходимые субсидии для покрытия убытков от пассажирских перевозок в дальнем сообщении предусматриваются в федеральном бюджете, от перевозок в пригородном сообщении - в бюджетах субъектов Российской Федерации. Субсидии будут предоставляться как компаниям, осуществляющим пассажирские перевозки, так и льготным категориям населения в форме адресной поддержки. Адресное субсидирование населения позволит, с одной стороны, устанавливать тарифы на пассажирские перевозки на экономически обоснованном уровне, а с другой - создаст предпосылки для сокращения расходов на дотирование по сравнению с вариантом дотирования компаний.
Поэтапное прекращение перекрестного субсидирования обеспечивается путем постепенного увеличения доли федерального бюджета и соответствующего уменьшения доли доходов от грузовых перевозок, направляемых на покрытие убытков от пассажирских перевозок.