Выбор оптимальной модели организации железнодорожного транспорта в России осуществлялся с учетом состояния железнодорожного транспорта в России, а также опыта реформирования железных дорог за рубежом и российского опыта реформирования естественных монополий.
Принципиальными для успешной реализации выбранной организационной модели железнодорожного транспорта в России являются следующие основные положения:
поэтапное реформирование и минимизация риска необратимых действий;
разделение функций государственного регулирования и управления хозяйственной деятельностью;
разделение основных и неосновных видов деятельности;
переход от монопольного состояния отрасли к конкурентному;
формирование организационной структуры по основным видам деятельности;
сохранение государственного регулирования и контроля над монопольным сектором (инфраструктурой);
сохранение интеграции инфраструктуры с частью грузовых перевозок, по крайней мере в течение первых лет реформирования, с поэтапным увеличением доли подвижного состава, принадлежащего независимым компаниям-операторам.