Российская военная база в период ее пребывания на территории Республики Таджикистан кроме функций защиты интересов Российской Федерации оказывает содействие Пограничной группе Федеральной пограничной службы Российской Федерации в Республике Таджикистан и пограничным войскам Республики Таджикистан в охране и защите государственной границы Республики Таджикистан.
Применение воинских формирований российской военной базы осуществляется на основе Договора о коллективной безопасности от 15 мая 1992 года, Договора о дружбе, сотрудничестве и взаимной помощи между Российской Федерацией и Республикой Таджикистан от 25 мая 1993 года и в соответствии с законодательствами обеих Сторон.