Для выполнения задач и функций Отдел имеет право:
32. Участвовать в разработке проектов ненормативных правовых актов таможни в части, касающейся Отдела.
33. Вносить на рассмотрение руководства таможни предложения о совершенствовании служебного применения Отдела, его организационно-штатной структуры и численности, а также о применении мер дисциплинарного воздействия в отношении сотрудников Отдела, совершивших неправомерные действия.
34. Направлять в структурные подразделения таможни документы в соответствии с установленным порядком по вопросам, входящим в компетенцию Отдела, а также запрашивать и получать от них документы и информацию, относящиеся к деятельности Отдела.
35. Участвовать в проведении служебных проверок по фактам происшествий и инцидентов, связанных со служебной деятельностью сотрудников Отдела.
36. Пользоваться в соответствии с установленным порядком средствами связи и информационными системами ГТК России, создавать и вести собственную базу данных, необходимую для решения задач, возложенных на Отдел.
37. Взаимодействовать в пределах своей компетенции с другими правоохранительными органами, органами местного самоуправления и гражданами.