Контроль за реализацией Программы осуществляет Министерство юстиции Российской Федерации, которое проводит ежегодные заседания коллегии Министерства по вопросам, касающимся хода выполнения программных мероприятий, с участием представителей Министерства имущественных отношений Российской Федерации, Федеральной службы земельного кадастра России, Государственного комитета Российской Федерации по строительству и жилищно-коммунальному комплексу, а также иных заинтересованных федеральных органов исполнительной власти.
В целях обеспечения контроля за реализацией программных мероприятий, направленных на решение вопросов в области взаимодействия учреждений юстиции по регистрации прав и органов (организаций), осуществляющих государственный учет, техническую инвентаризацию объектов недвижимого имущества, необходимо создать межведомственный совет, в работе которого примут участие Министерство юстиции Российской Федерации, Федеральная служба земельного кадастра России, Государственный комитет Российской Федерации по строительству и жилищно-коммунальному комплексу, Министерство имущественных отношений Российской Федерации, Министерство природных ресурсов Российской Федерации, иные заинтересованные федеральные органы исполнительной власти.
По истечении срока каждого этапа реализации Программы (2003 и 2006 годы) Министерство юстиции Российской Федерации должно представить в Правительство Российской Федерации отчет о результатах выполнения программных мероприятий.