Для выполнения задач и функций Главное управление имеет право:
50. Участвовать в разработке проектов нормативных правовых актов ГТК России в части, касающейся Главного управления.
51. Вносить на рассмотрение руководства ГТК России предложения о совершенствовании организационно-штатной структуры подразделений силового обеспечения, о порядке применения подразделений.
52. Направлять в таможенные органы нормативные документы в соответствии с установленным порядком по вопросам, входящим в компетенцию Главного управления, а также запрашивать и получать от таможенных органов документы и информацию, относящуюся к деятельности подразделений силового обеспечения.
53. Осуществлять контроль в пределах своей компетенции за деятельностью таможенных органов и организаций ГТК России.
54. Вносить в Главное финансово-экономическое управление и Главное управление тылового обеспечения предложения по планированию, перераспределению финансовых и материально-технических средств, выделенных на обеспечение деятельности подразделений, отнесенных к компетенции Главного управления.
55. Участвовать, в пределах своей компетенции, в расследовании происшествий в таможенных органах, инцидентов с морскими (речными) и воздушными судами, их вооружением и техническими средствами.
56. Участвовать в разработке проектов договоров и контрактов с организациями по вопросам строительства, испытаний, приемки и эксплуатации морских (речных) и воздушных судов, а также закупки агрегатов и запасных частей для них.
57. Вносить в порядке контроля за соблюдением законности предложения об отмене или изменении правовых актов и решений таможенных органов, а также о применении мер административного воздействия в отношении сотрудников таможенных органов, совершивших неправомерные действия.
58. Рассматривать и готовить руководству ГТК России в пределах своей компетенции предложения по жалобам и обращениям организаций и граждан, а также протестам прокуроров в части соблюдения сотрудниками силовых подразделений законодательства Российской Федерации о таможенном деле. В этой связи Главное управление дает указания таможенным органам об устранении нарушений законодательства Российской Федерации.
59. Пользоваться в соответствии с порядком, определяемым ГТК России, средствами связи и информационными системами ГТК России, создавать и вести собственную базу данных, необходимую для решения задач, возложенных на Главное управление.
60. Взаимодействовать в пределах своей компетенции с другими правоохранительными органами, органами местного самоуправления и гражданами.