Текущее управление выполнения Программой осуществляет руководство ГТК России.
Организация выполнения мероприятий Программы возлагается на руководителей структурных подразделений ГТК России и таможенных органов.
Контроль за выполнением Программы осуществляет коллегия ГТК России.