Основными задачами Службы являются:
- разработка научно-методических принципов деятельности ВСМК и Службы;
- организация и осуществление медико-санитарного обеспечения при ликвидации последствий чрезвычайных ситуаций, в том числе в локальных вооруженных конфликтах и террористических актах;
- координация и руководство силами и средствами, участвующими в ликвидации медико-санитарных последствий чрезвычайных ситуаций;
- обеспечение готовности органов управления, системы связи и оповещения формирований и учреждений Службы к действиям в чрезвычайных ситуациях;
- обеспечение постоянной готовности и эффективной работы подразделений экстренной и консультативной медицинской помощи населению (санитарной авиации);
- участие в подготовке и обеспечении готовности органов управления, лечебно-профилактических, санитарно-эпидемиологических и других учреждений Минздрава России к работе в чрезвычайных ситуациях;
- выявление источников чрезвычайных ситуаций, которые могут сопровождаться неблагоприятными медико-санитарными последствиями, организация постоянного медико-санитарного контроля за ними, проведение комплекса мероприятий по недопущению или уменьшению таких последствий;
- прогнозирование и оценка медико-санитарных последствий стихийных бедствий, аварий и катастроф;
- сбор, обработка, обмен и предоставление информации медико-санитарного характера в области защиты населения и территорий;
- разработка, внедрение и совершенствование методов и средств оказания экстренной и консультативной медицинской помощи населению;
- разработка, внедрение и совершенствование методов и средств оказания медицинской помощи, лечения пораженных при чрезвычайных ситуациях;
- совершенствование организационной структуры Службы и системы медико-санитарного обеспечения населения при возникновении чрезвычайных ситуаций, системы экстренной и консультативной медицинской помощи населению;
- создание при участии заинтересованных министерств и ведомств системы управления ВСМК, поддержание ее в постоянной готовности и совершенствование;
- разработка методических основ и участие в подготовке населения и спасателей к оказанию первой медицинской помощи при чрезвычайных ситуациях;
- координация и осуществление подготовки, повышения квалификации и аттестации специалистов службы медицины катастроф;
- разработка, внедрение методических основ медицинской экспертизы и реабилитации участников ликвидации чрезвычайных ситуаций;
- создание и рациональное использование резервов медицинского, санитарно-хозяйственного и специального имущества для службы, организация его хранения и обновления (освежения), оснащение им формирований и учреждений службы, обеспечение экстренных поставок лекарственных средств для ликвидации последствий чрезвычайных ситуаций;
- участие в осуществлении государственной экспертизы, надзора и контроля в области защиты населения и территорий в условиях чрезвычайных ситуаций;
- участие в разработке и осуществлении мер по социальной защите населения, проведении гуманитарных акций в области защиты от чрезвычайных ситуаций;
- создание и рациональное использование резервов финансовых и материально-технических ресурсов для обеспечения деятельности Службы;
- международное сотрудничество в области медицины катастроф.