32) устанавливает для субъектов Российской Федерации лимиты водопользования (водопотребления и водоотведения) по водным объектам, отнесенным к федеральной собственности;
33) обеспечивает составление прогнозов, разработку схем комплексного использования и охраны водных ресурсов, водохозяйственных балансов;
34) выдает, регистрирует, приостанавливает действие и аннулирует в установленном порядке лицензии на водопользование, регистрирует договоры на пользование водными объектами, согласовывает места размещения хозяйственных и иных объектов, а также осуществление всех видов работ на водных объектах и в их водоохранных зонах;
35) подготавливает предложения по определению порядка взимания платы за пользование водными объектами, осуществляет распределение средств, выделяемых на финансирование водохозяйственной деятельности, разрабатывает и утверждает в установленном порядке перечни водохозяйственных мероприятий, финансируемых за счет указанных средств;
36) организует совместно с заинтересованными федеральными органами исполнительной власти и органами исполнительной власти субъектов Российской Федерации межрегиональное распределение и перераспределение водных ресурсов на основе прогнозов социально-экономического развития Российской Федерации, программ и водохозяйственных балансов;
37) организует эксплуатацию водохранилищ и водохозяйственных систем комплексного назначения, защитных и других гидротехнических сооружений, находящихся в ведении министерства, осуществляет государственный надзор и контроль за соблюдением собственниками гидротехнических сооружений и эксплуатирующими организациями норм и правил безопасности гидротехнических сооружений, а также условий лицензий на осуществление деятельности по эксплуатации гидротехнических сооружений, за исключением гидротехнических сооружений, поднадзорных иным федеральным органам исполнительной власти, а также гидротехнических сооружений, полномочия на осуществление надзора за которыми переданы органам местного самоуправления;
38) обеспечивает в установленном порядке разработку и осуществление мероприятий по восстановлению и охране водных объектов, установлению водоохранных зон и соблюдению режима хозяйственной деятельности в пределах этих зон;
39) устанавливает с участием заинтересованных федеральных органов исполнительной власти и органов исполнительной власти субъектов Российской Федерации режимы наполнения и сработки водохранилищ, пропуска паводков на водных объектах, находящихся в федеральной собственности, утверждает правила эксплуатации и использования водных ресурсов водохранилищ, осуществляет контроль за их соблюдением;
40) осуществляет в установленном порядке формирование и ведение Российского регистра гидротехнических сооружений, государственного учета поверхностных вод и их использования;
41) организует во взаимодействии с заинтересованными федеральными органами исполнительной власти и органами исполнительной власти субъектов Российской Федерации разработку и выполнение мероприятий по обеспечению безопасности гидротехнических сооружений, предотвращению и ликвидации вредного воздействия вод, аварийного загрязнения вод, осуществление противопаводковых мероприятий, регулирует деятельность по использованию паводкоопасных территорий;
42) обеспечивает совместно с органами исполнительной власти субъектов Российской Федерации подготовку, заключение и реализацию бассейновых соглашений о восстановлении и охране водных объектов;
43) разрабатывает проекты межгосударственных целевых программ по вопросам водного хозяйства, использования и охраны трансграничных водных объектов и организует их выполнение;