1) разрабатывает с участием других федеральных органов исполнительной власти и органов исполнительной власти субъектов Российской Федерации основные направления изучения, воспроизводства, использования и охраны природных ресурсов, охраны окружающей природной среды, развития системы особо охраняемых природных территорий и сохранения биологического разнообразия;
2) разрабатывает и организует выполнение федеральных целевых программ геологического изучения недр и развития минерально-сырьевой базы, рационального использования, восстановления и охраны водных объектов, предупреждения и ликвидации вредного воздействия вод, использования, охраны, защиты лесного фонда и воспроизводства лесов, охраны окружающей природной среды, а также участвует совместно с федеральными органами исполнительной власти и органами исполнительной власти субъектов Российской Федерации в разработке и реализации федеральных и территориальных целевых программ, включающих в себя вопросы природопользования, охраны окружающей природной среды, водообеспечения населения и объектов экономики;
3) разрабатывает и утверждает приоритетные направления научно-исследовательских, опытно-конструкторских и проектно-изыскательских работ (включая организацию их проведения), создания новой техники и прогрессивных технологий в установленных сферах ведения;
4) выполняет в пределах своей компетенции функции государственного заказчика и обеспечивает проведение работ для государственных нужд;
5) в установленном порядке разрабатывает проекты федеральных законов и иных нормативных правовых актов и направляет их на рассмотрение в Правительство Российской Федерации, издает по вопросам, отнесенным к компетенции министерства, нормативные правовые акты (с последующей государственной регистрацией их в предусмотренных законодательством Российской Федерации случаях), а также методические и инструктивно-технические документы;
6) организует и осуществляет в соответствии с законодательством Российской Федерации лицензирование видов деятельности, связанных с недро-, водо- и лесопользованием, пользованием объектами животного мира, охраной окружающей природной среды, а также контроль за соблюдением лицензиатами лицензионных требований и условий;
7) обеспечивает организацию и проведение государственной экологической экспертизы, государственной экспертизы запасов полезных ископаемых, геологической, экономической и экологической информации о предоставляемых в пользование участках недр, предпроектной и проектной документации на строительство и реконструкцию водохозяйственных и других объектов, влияющих на состояние водных объектов и их водоохранных зон, экспертизы проектно-сметной документации на ведение работ по геологическому изучению недр;
8) обеспечивает ведение государственного кадастра месторождений и проявлений полезных ископаемых, государственного учета и государственного реестра работ по геологическому изучению недр, участков недр, предоставленных для добычи полезных ископаемых, а также в целях, не связанных с их добычей, государственного водного кадастра с участием федерального органа исполнительной власти в области гидрометеорологии и мониторинга окружающей среды, государственного кадастра отходов и государственного реестра объектов их размещения, государственного лесного кадастра, государственного кадастра особо охраняемых природных территорий и определяет перечень их показателей, а также координирует в пределах своей компетенции деятельность федеральных органов исполнительной власти по вопросам ведения государственных кадастров в области природопользования и охраны окружающей природной среды;
9) разрабатывает и осуществляет с участием других федеральных органов исполнительной власти меры по совершенствованию механизма экономического регулирования рационального природопользования и охраны окружающей природной среды, определяет методики экономической (стоимостной) оценки природных ресурсов;
10) осуществляет с участием заинтересованных федеральных органов исполнительной власти прогнозирование влияния использования одного вида природных ресурсов на состояние других видов природных ресурсов и определяет экономически обоснованные условия рационального и комплексного использования природных ресурсов;
11) осуществляет в установленном порядке координацию деятельности по созданию и обеспечению функционирования комплексной системы мониторинга состояния окружающей природной среды и использования природных ресурсов, осуществляет государственный мониторинг состояния недр, водных объектов, лесов, животного и растительного мира, устанавливает порядок его ведения, а также участвует в ведении другими федеральными органами исполнительной власти государственного мониторинга состояния иных видов природных ресурсов;
12) организует и осуществляет государственный экологический контроль, государственный контроль за геологическим изучением, рациональным использованием и охраной недр, за использованием и охраной водных объектов, за состоянием, использованием, охраной, защитой лесного фонда, лесов и древесно-кустарниковой растительности, не входящих в лесной фонд, за воспроизводством лесов, охраной атмосферного воздуха, а также в пределах своей компетенции - за охраной объектов животного мира и среды их обитания, использованием и охраной земель, контроль за соблюдением природоохранных требований при обращении с отходами (за исключением радиоактивных);
13) обеспечивает в пределах своей компетенции охрану морской среды, ее природных ресурсов, сохранение биологического разнообразия, соблюдение норм экологической безопасности во внутренних морских водах и территориальном море, на континентальном шельфе и в исключительной экономической зоне Российской Федерации;
14) организует и обеспечивает государственное геологическое изучение недр, участвует в подготовке предложений по использованию и охране недр и минерально-сырьевых ресурсов исключительной экономической зоны Российской Федерации, Антарктиды и дна Мирового океана;
15) формирует систему особо охраняемых природных территорий, осуществляет государственное управление и государственный контроль в области организации и функционирования государственных природных заповедников, национальных парков и иных особо охраняемых природных территорий, находящихся в ведении министерства, ведет Красную книгу Российской Федерации;
16) осуществляет совместно с другими специально уполномоченными государственными органами охрану объектов животного мира и среды их обитания, определяет порядок регулирования численности объектов животного мира на подведомственных особо охраняемых природных территориях;
17) формирует фонд государственных информационных ресурсов, включающий данные о состоянии природных ресурсов и окружающей природной среды, об их использовании и охране, регулирует в установленном порядке использование этой информации, участвует в создании информационных систем по видам природных ресурсов, организует подготовку государственных докладов о состоянии окружающей природной среды и об использовании природных ресурсов в Российской Федерации;
18) обеспечивает в установленном порядке проведение работ по стандартизации, сертификации, метрологическому контролю и надзору в сфере природопользования и охраны окружающей природной среды, участвует в разработке форм государственной статистической отчетности в этой сфере;
19) осуществляет в пределах своей компетенции международное сотрудничество в области природопользования и охраны окружающей природной среды, заключает в установленном порядке международные договоры и выполняет международные обязательства Российской Федерации;