МГСЭМ формируется на базе существующих систем наблюдения и контроля за состоянием окружающей среды, действующих структур, обладающих технологиями сбора, обобщения и моделирования экологических ситуаций.
Основу МГСЭМ составляют национальные и региональные системы экологического мониторинга с их службами наблюдения и контроля, размещенными на территориях Сторон.
Координирует деятельность МГСЭМ Межгосударственный экологический совет (далее - Совет) с участием Межгосударственного совета по гидрометеорологии и Межгосударственного совета по чрезвычайным ситуациям природного и техногенного характера.