Управление Программой обеспечивается Управлением медицинских проблем материнства и детства Министерства здравоохранения Российской Федерации, на которое возлагается исполнение функций дирекции Программы.
При Министерстве здравоохранения Российской Федерации создается координационный совет, который осуществляет согласование и консультации по технико-экономическим обоснованиям мероприятий Программы, контроль за ходом ее реализации, оценивает результативность и эффективность программных мероприятий. В состав координационного совета входят представители федеральных органов исполнительной власти и органов исполнительной власти субъектов Российской Федерации, а также ведущие ученые и представители общественных организаций.
Министерство здравоохранения Российской Федерации как государственный заказчик осуществляет контроль за сроками выполнения мероприятий Программы, целевым расходованием выделяемых финансовых средств и эффективностью их использования, ежегодно уточняет затраты по программным мероприятиям и состав исполнителей.