Для осуществления управления реализацией Программы создана межведомственная рабочая группа по обеспечению реализации Программы, в состав которой входят представители федеральных органов исполнительной власти - ответственных исполнителей Программы.
Министерство Российской Федерации по делам гражданской обороны, чрезвычайным ситуациям и ликвидации последствий стихийных бедствий как государственный заказчик осуществляет контроль за сроками выполнения мероприятий Программы, целевым расходованием выделяемых финансовых средств и эффективностью их использования, ежегодно уточняет затраты по программным мероприятиям и состав исполнителей.