Для руководства и координации работ по реализации Программы создается экспертно-координационный совет из представителей федеральных и иных органов исполнительной власти, общественных, международных и прочих организаций.
Министерство по делам федерации, национальной и миграционной политики Российской Федерации, являясь государственным заказчиком Программы, осуществляет контроль за сроками выполнения мероприятий, целевым расходованием выделяемых финансовых средств и эффективностью их использования, ежегодно уточняет затраты по программным мероприятиям и состав исполнителей.