Для оперативного управления реализацией Программы, привлечения внебюджетных источников финансирования и контроля за эффективностью выполняемых мероприятий создана исполнительная дирекция Программы.
Министерство образования Российской Федерации как государственный заказчик осуществляет контроль за сроками выполнения мероприятий Программы, целевым расходованием выделяемых финансовых средств и эффективностью их использования, ежегодно уточняет затраты по программным мероприятиям и состав исполнителей.