Основной механизм взаимодействия между Правительством Российской Федерации, правительством Калужской области и администрацией г.Обнинска определяется соответствующим соглашением.
Общий контроль за реализацией настоящей программы осуществляет наблюдательный совет.
В состав наблюдательного совета входят губернатор Калужской области (председатель совета), руководители (заместители руководителей) Министерства Российской Федерации по атомной энергии, Министерства науки и технологий Российской Федерации, Министерства финансов Российской Федерации, Министерства экономики Российской Федерации, Министерства государственного имущества Российской Федерации, Министерства по делам федерации и национальностей Российской Федерации и Министерства образования Российской Федерации.
В состав наблюдательного совета входят также председатель городского собрания г.Обнинска и представитель Аппарата Правительства Российской Федерации. Состав наблюдательного совета утверждается Правительством Российской Федерации.
Основными задачами наблюдательного совета являются:
определение перечня и объема финансирования программных мероприятий, мониторинг их реализации;
контроль за выполнением соглашения между Правительством Российской Федерации, правительством Калужской области и администрацией г.Обнинска, а также за целевым использованием средств, выделенных на реализацию настоящей программы;
подготовка и внесение в Правительство Российской Федерации и Правительственную комиссию по научно-инновационной политике предложений по корректировке при необходимости порядка выполнения настоящей программы.
Управление настоящей программой осуществляет дирекция. Дирекцию программы возглавляет глава органа самоуправления г.Обнинска. Положение о дирекции программы и ее состав утверждаются государственным заказчиком программы.