1. Руководство деятельностью Пограничной службы осуществляет Президент Российской Федерации.
2. Правительство Российской Федерации в пределах своей компетенции координирует деятельность специально уполномоченного федерального органа исполнительной власти по пограничной службе с деятельностью других федеральных органов исполнительной власти.
3. Управление Пограничной службой осуществляет руководитель специально уполномоченного федерального органа исполнительной власти по пограничной службе через специально уполномоченный федеральный орган исполнительной власти по пограничной службе и его территориальные органы. Руководитель специально уполномоченного федерального органа исполнительной власти по пограничной службе назначается на должность и освобождается от должности Президентом Российской Федерации по представлению Председателя Правительства Российской Федерации.
4. Положение о специально уполномоченном федеральном органе исполнительной власти по пограничной службе утверждается Президентом Российской Федерации по представлению Председателя Правительства Российской Федерации.