2.1. Использование таможенных судов для обеспечения экономической безопасности и защиты экономических интересов Российской Федерации в исключительной экономической зоне, территориальных и внутренних водах, на пограничных реках и озерах в регионе деятельности таможни.
2.2. Планирование и организация деятельности таможенных судов и управление ими при выполнении задач на службе.
2.3. Планирование и организация боевой подготовки таможенных судов и морских специалистов.
2.4. Планирование, организация эксплуатации и ремонта таможенных судов, обеспечение функционирования объектов инфраструктуры их базирования.
2.5. Планирование, организация и контроль за материально-техническим обеспечением таможенных судов.