3.1. Планирование и организация несения службы таможенными судами в исключительной экономической зоне, территориальных и внутренних водах, на пограничных реках и озерах в регионе деятельности таможни.
3.2. Поддержание установленного таможенного режима, осуществление таможенного контроля и ведение борьбы с контрабандой, нарушениями таможенных правил в отношении российских и иностранных невоенных судов в исключительной экономической зоне, территориальных и внутренних водах, на пограничных реках и озерах в регионе деятельности таможни.
3.3. Анализирует и обобщает практику использования судов на службе, готовит предложения начальнику таможни по повышению эффективности их использования.
3.4. Разрабатывает и представляет начальнику таможни предложения об организации взаимодействия с подразделениями других федеральных органов исполнительной власти по вопросам обеспечения экономической безопасности и защиты экономических интересов Российской Федерации в исключительной экономической зоне, территориальных и внутренних водах, на пограничных реках и озерах в регионе деятельности таможни.
3.5. Контролирует выполнение таможенными судами таможенного законодательства и правовых актов Российской Федерации, норм международного морского права в части, касающейся обеспечения безопасности плавания в исключительной экономической зоне, территориальных и внутренних водах, на пограничных реках и озерах в регионе деятельности таможни.
3.6. Готовит предложения о развитии и совершенствовании организационно-технической базы системы управления таможенными судами.
3.7. Планирует и организует связь с судами в регионе деятельности таможни.
3.8. Организует и контролирует поддержание судов в установленной степени боевой готовности к выполнению поставленных задач.
3.9. Организует сбор, обработку, анализ и обобщение данных об обстановке в исключительной экономической зоне, территориальных и внутренних водах, на пограничных реках и озерах в регионе деятельности таможни.
3.10. Доводит задачи, поставленные начальником таможни, начальником морского отдела Управления до командиров таможенных судов.
3.11. Организует и контролирует взаимодействие между таможенными судами.
3.12. Контролирует выполнение мероприятий по всем видам обеспечения таможенных судов.
3.13. Разрабатывает и представляет начальнику таможни, начальнику морского отдела Управления предложения об обеспечении деятельности таможенных судов.
3.14. Планирует, организует и контролирует подготовку специалистов таможенных судов по видам подготовки: таможенной, тактической, морской, специальной, а также борьбе за живучесть.
3.15. Планирует, организует и контролирует обеспечение таможенных судов учебной техникой, морскими и топографическими картами, специальной морской литературой, а также использованием учебно-материальной базы.
3.16. Анализирует и обобщает результаты эксплуатации вооружения и технических средств таможенных судов, разрабатывает и контролирует выполнение организационных мероприятий, способствующих повышению их технической надежности.
3.17. Разрабатывает и осуществляет контроль за выполнением комплекса мероприятий по предупреждению аварийности технических средств таможенных судов, обеспечению их взрыво- и пожаробезопасности, предотвращению несчастных случаев и гибели членов экипажей.
3.18. Разрабатывает и контролирует выполнение комплекса мероприятий по обеспечению безопасности плавания таможенных судов и предупреждению их навигационной аварийности.
3.19. Рассматривает, согласовывает и обобщает заявки командиров таможенных судов по видам обеспечения: штурманскому, артиллерийскому, радиотехническому и связи; электротехническому, шкиперскому, аварийно-спасательному, а также по обеспечению топливно-смазочными материалами, морскими и топографическими картами, специальной морской литературой, учебной техникой и пособиями.
3.20. Разрабатывает и представляет начальнику таможни предложения по планированию, организации и проведению ремонта таможенных судов.
3.21. Разрабатывает и представляет начальнику таможни предложения об организации базирования таможенных судов, согласовывает проектную документацию на строительство объектов базирования судов.
3.22. Планирует и организует в пределах своей компетенции совместно с заинтересованными подразделениями таможни, комплектование экипажей таможенных судов морскими специалистами.
3.23. Изучает и анализирует обстоятельства происшествий с таможенными судами, проводит расследования, готовит акты расследования на утверждение начальнику таможни и Управления.
3.24. Готовит и представляет в Управление материалы на списание таможенных судов, их вооружения и технических средств.
3.25. Планирует и контролирует расходование финансовых средств для обеспечения деятельности таможенных судов.