5.1. Отдел возглавляет начальник, назначаемый на должность и освобождаемый от нее приказом начальника Управления по согласованию с ГТК России.
5.2. Начальник отдела:
- руководит на принципах единоначалия деятельностью отдела;
- организует и контролирует деятельность морских подразделений таможенных судов в пределах своей компетенции;
- несет персональную ответственность за выполнение возложенных на отдел задач и функций;
- распределяет обязанности между сотрудниками отдела и устанавливает степень их ответственности;
- разрабатывает, согласует и представляет на утверждение проекты приказов, договоров, актов, соглашений, решений, протоколов, программ и других документов, касающихся деятельности морских подразделений и таможенных судов;
- осуществляет контроль планирования и расходования финансовых средств, выделенных согласно годовому плану на обеспечение деятельности морских подразделений и таможенных судов;
- вносит, в соответствии с установленным порядком, предложения о назначении, освобождении от занимаемой должности, присвоении специальных званий сотрудникам отдела, морских подразделений и таможенных судов;
- согласует назначения на должности начальников морских подразделений и командиров таможенных судов;
- применяет в пределах предоставленных ему прав в отношении сотрудников отдела меры поощрения и дисциплинарного воздействия;
- осуществляет другие функции;
- несет ответственность в соответствии с законодательством Российской Федерации, правовыми актами Президента Российской Федерации и Правительства Российской Федерации, нормативными и иными правовыми актами ГТК России.