Для выполнения возложенных задач и функций отдел имеет право:
4.1. Вносить на рассмотрение руководства Управления предложения по вопросам деятельности морских подразделений, эффективному использованию морских (речных) таможенных судов.
4.2. Получать документы и информацию, необходимые для выполнения возложенных на него задач и функций.
4.3. Вносить предложения по планированию финансовых средств на обеспечение деятельности отдела, морских подразделений и таможенных судов.
4.4. Взаимодействовать в пределах своей компетенции с соответствующими подразделениями других федеральных органов исполнительной власти.
4.5. Координировать деятельность подразделений Управления, обеспечивающих функционирование морских подразделений и таможенных судов.
4.6. Планировать и организовывать заключение контрактов и договоров с поставщиками по вопросам, связанным с деятельностью морских подразделений и таможенных судов.
4.7. Проводить плановые и внезапные проверки деятельности морских подразделений и таможенных судов по вопросам, входящим в компетенцию отдела.
4.8. Представлять управление в органах государственной власти, организациях и учреждениях по вопросам, входящим в компетенцию отдела.